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Bei der Herstellung von Fermentationsprodukten werden häufig gentechnisch veränderte Mikroorganismen (Hefestämme, Bakterien) eingesetzt. Das Endprodukt wird anschliessend von den herstellenden Organismen gereinigt. Eine Kontamination mit Bestandteilen (z.B. Proteinen) der herstellenden Organismen kann jedoch nicht vollständig ausgeschlossen werden. Im Jahr 2018 wurde festgestellt, dass 20 Tonnen Vitamin B2, das in der EU bereits auf dem Markt war, mit gentechnisch veränderten Bakterien (Bacillus subtilis) kontaminiert waren, die zu seiner Herstellung verwendet wurden. Mit GVO hergestellte Fermentationsprodukte werden ab 2020 als neuartige Lebensmittel reguliert. Ihre Verwendung muss auf dem Endprodukt nicht gekennzeichnet werden.

Fluoreszierende Organismen können im Gegensatz zu Lebewesen mit der Fähigkeit zur Biolumineszenz das Leuchten nicht selbständig auslösen. Für die Erzeugung des Lichteffekts braucht es Einstrahlung durch Licht einer bestimmten Wellenlänge. Diese löst eine Lichtemission aus, die nur kurze Zeit langanhält. Bevor die Erzeugung von Biolumineszenz durch Gentechnik möglich wurde, haben die Biotechnolog:innen damit experimentiert, Pflanzen durch das Einfügen von Fremdgenen (etwa aus marinem Plankton) zum Fluoreszieren zu bringen.

Living Carbon schreibt, es verändere die Zellen von Pappeln und Kiefern so, dass sie während der Fotosynthese ein natürlich vorkommendes giftiges Nebenprodukt, das dabei entsteht, mit weniger Energie abbauen können. Dadurch würden sie schneller wachsen und mehr Kohlenstoff speichern. Das Verfahren sei bereits bei Futterpflanzen, beispielsweise Mais, erfolgreich erprobt worden.

Das Forum Genforschung ist eine Plattform der SCNAT, die sich mit Entwicklungen in der Genforschung und ihren Auswirkungen auf die Gesellschaft befasst, wobei sie diese, laut Statuten "so objektiv wie m glich behandelt". Diese Objektivität scheint gerade in den Hintergrund und wirtschaftliche Eigeninteressen stattdessen in den Vordergrund zu rücken. Einige der in der Stellungnahme aufgeführten Expertinnen und Experten besitzen Patente im Bereich der Biotechnologie und sie oder ihre Institute würden direkt von einer schwachen Regulierung profitieren. So etwa die Universitäten Zürich und Lausanne.

Diese Verordnung regelt den Umgang mit Organismen sowie mit ihren Stoffwechselprodukten und Abfällen in der Umwelt, insbesondere mit gentechnisch veränderten, pathogenen oder gebietsfremden Organismen. Im Anhang der FrSV wird aufgelistet, welche Verfahren als gentechnisch eingestuft werden und welche nicht. Nicht als gentechnische Verfahren gelten die Selbstklonierung nicht pathogener Organismen sowie eine Liste von Verfahren, die nicht mit dem Einsatz von rekombinanten Nukleinsäuremolekülen oder gentechnisch veränderten Organismen verbunden sind, darunter die Mutagenese.

Bei der klassischen Genübertragung mit gentechnischen Methoden werden nur bei einem Bruchteil der Zellen der Organismen die neuen Gene eingebaut. Um herauszufinden, welche Zellen das neue Gen enthalten, wird mit dem Zielgen auch ein sogenanntes Markergen übertragen. Häufig verwenden die Forscher dafür Antibiotikaresistenz-Gene. Sie machen Pflanzen immun gegenüber Antibiotika. Dies ist jedoch wegen der besorgniserregenden Resistenz gegenüber Antibiotika bei Menschen umstritten. Forscher haben nun auch neue Marker entwickelt, darunter auch solche, die ein fluoreszierendes Protein herstellen. Wenn dieses Makergen in der Zelle angekommen und das Protein entstanden ist, leuchten die veränderten Organsimen unter UV-Licht. Die Folgen dieses Eingriffs – zum Beispiel auf den Stoffwechsel – sind nicht bekannt.