Ein Nebeneffekt, der z.B. beim Anwenden des CRISPR/Cas-Systems auftreten kann, sind ungewollte Veränderungen der DNA an Nicht-Zielsequenzen (Off-Target-Effekte). Denn das System der Genschere ist nicht hundertprozentig genau, sondern toleriert eine gewisse Anzahl an Fehlpaarungen zwischen den Basen der leitenden RNA und denen der angesteuerten Zielsequenz im Genom. Das kann dazu führen, dass Cas auch an anderen Stellen im Genom bindet, dort die DNA schneidet und ungewollt eine zusätzliche Veränderung einführt.