Unter Nahrungsnetz versteht mandas komplexe, verschachtelte Netz der Nahrungsbeziehungen zwischen Organismen in einem Ökosystem. Viele Beziehungen zwischen den einzelnen Akteuren der Nahrungsnetze sind unbekannt. Oft werden sie erst dann entdeckt, wenn eine Art verschwindet.
Zudem bleibt auch ein Teil der Organismen, die in einem Ökosystem leben, im Verborgenen. Die beabsichtigten und zufällig entstandenen Eigenschaften, die durch Genomeditierung herbeigeführt werden, können an verschiedenen Stoffwechselprozessen mitwirken und so die mannigfaltigen Interaktionen zwischen der gentechnisch veränderten Art und den anderen Teilnehmern der Nahrungskette beeinflussen. Es kann ausserdem zu Auskreuzungen mit anderen, verwandten Arten kommen. Solche potenziellen Auswirkungen werden bei der Entwicklung gentechnisch veränderter Organismen oft zu wenig berücksichtigt und erforscht. Sie zeigen sich häufig erst viele Jahre nach der Freisetzung und können zu unumkehrbaren Schäden an den Ökosystemen führen.